CentOS7编译安装Amber18

Amber简介

Amber（Assisted Model Building with Energy Refinement）这个名词通常涉及两个产品：一个是一套生物分子模拟的分子立场；另一个是由TSRI&UCSF发布的包含代码和演示的分子模拟软件包，由AmberTools和Amber组成，Amber是一个多个程序的集合包，大约包含50多个程序，相互协调工作。

主要的程序有：

  • sander：Simulated annealing with NMR-derived energy restraints，用来自NMR的能量限制模拟退火。可以基于来自NOE的距离限制和扭转角限制、基于化学位移和NOESY值的性能损失函数，进行NMR的精细化。Sander也是用于分子动力学模拟的主程序，并且支持QM/MM(量化/动力学)运算。
  • nmode：使用一阶和二阶导数信息进行简正模式分析的程序，用于寻找局域最小值，进行振动分析，寻找过渡态。
  • LEaP：X-window程序，用于基本模型，AMBER坐标和参数/拓扑文件的创建。它包含分子编辑器，可以创建氨基酸>残基并对大分子进行修饰。
  • antechamber：该程序套件对大多数有机分子和金属配位中心自动产生力场描述。它从结构开始（通常是PDB格式>），产生LEaP可识别的文件用于分子模拟。要求对蛋白质和核酸产生的力场与通常的Amber力场一致，另外还可以和高斯兼容，生成高斯计算的输入文件用于量化计算。
  • ptraj和carnal：用于分析MD轨迹，计算参考结构的RMS偏差，氢键分析，时间相关函数，扩散特性，等。
  • mm_pbsa：脚本，对MD轨迹自动后期处理，用连续溶剂方法进行热力学分析。它能够把能量归属到不同的氨基酸残基片断中去，并估算不同构像之间的自由能量差。
  • pmemd：这是一个在sander基础上进行重大修改的程序（最初由Bob Duke发起），用于优化周期性、PME模拟以及GB模拟过程。新版本Pmemd的计算速度要比Sander快，而且更适用于并行。此外，11版新增NVIDIA GPU加速，因此，它通>常是一可选程序，除非你需要的选项它不支持。在新版模型中，我们可以理解为：sander是研究新的性质的有效手段，pmemd如同“生产”的代码，是实现Sander最常用的一个行之有效的工具，在高性能环境中表现良好。
  • ptraj：这是用来分析MD轨迹，计算的各种数据，如：相关结构的均方根偏差，氢键分析，时间相关函数，扩散>行为等等。

Amber18编译安装

此处为安装实例，把安装好的软件上传于/public/software/

1
$ cd /public/software/
2
$ tar xvfj Amber18.tar.bz2
3
$ tar xvfj AmberTools19.tar.bz2

两个压缩包会解压到一个名为amber18的文件夹里。

设置AMBERHOME主目录环境变量：

1
$ export AMBERHOME=/public/software/amber18
2
或
3
$ echo 'export AMBERHOME=/public/software/amber18' >> ~/.bashrc
4
$ source ~/.bashrc

安装依赖的软件及软件库：

1
$ yum -y install gcc gcc-gfortran gcc-c++ flex tcsh zlib-devel bzip2-devel libXt-devel libXext-devel libXdmcp-devel tkinter openmpi openmpi-devel perl perl-ExtUtils-MakeMaker patch bison boost-devel
2
$ cd $AMBERHOME
3
$ ./configure --help # 执行此命令可以看到不同的编译模式，不同的参数设置

  • 串行安装

    1
    $ cd $AMBERHOME
    2
    $ ./configure --with-python ${Python执行路径} gnu
    3
    #此命令会生成处amber.sh和amber.csh文件，这两个文件可以用于添加amber所需的环境变量
    4
    $ sourch amber.sh # 添加环境变量信息，也可以自己动手在~/.bashrc中添加
    5
    $ make install # 编译安装
    6
    $ make test # 编译测试

  • 多线程(openmpi)编译安装：

    安装openmpi以及配置环境变量的过程此处不再赘述。

    openmpi-4.0.1 百度网盘下载地址提取码：ai53

    1
    $ cd $AMBERHOME
    2
    $ ./configure --with-python ${Python执行路径} -mpi gnu
    3
    # 此命令会生成处amber.sh和amber.csh文件，这两个文件可以用于添加amber所需的环境变量
    4
    $ source amber.sh # 添加环境变量信息，也可以自己动手在~/.bashrc中添加
    5
    $ make install # 编译安装
    6
    $ export DO_PARALLEL="mpirun --allow-run-as-root -np 4"
    7
    # openmpi2.0以后的版本，用户是root的话，mpirun并行运行的话不会计算，须加上--allow-run-as-root
    8
    9
    $ ./configure --with-python ${Python执行路径} -openmp gnu
    10
    $ make openmp
    11
    12
    $ make test # 编译测试

  • GPU版本编译安装：

    安装显卡驱动和cuda以及配置环境变量的过程此处也不再赘述。

    1
    $ cd $AMBERHOME
    2
    $ ./configure --with-python ${Python执行路径} -cuda gnu
    3
    $ make install
    4
    5
    $ ./configure --with-python ${Python执行路径} -cuda -mpi gnu
    6
    $ make install
    7
    8
    $ make test

  • 添加Amber18环境变量：

    1
    $ echo 'export AMBERHOME=/public/software/amber18' >> ~/.bashrc
    2
    $ echo 'export PATH=/public/software/amber18/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
    3
    $ source ~/.bashrc

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    缺失模块。
    1、请确保node版本大于6.2
    2、在博客根目录（注意不是yilia根目录）执行以下命令：
    npm i hexo-generator-json-content --save

    3、在根目录_config.yml里添加配置： 

      jsonContent:
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