GROMACS-2021-rc1 GPU版编译安装
- 本文gromacs-2021-rc1 编译安装所用环境：
GCC 8.3.0intel 2019CUDA 10.1cmake 3.17.2 - GCC 8.3.0 安装教程GCC 8.3.0
- cmake 3.17.2 安装参考教程cmake 3.15.3
- CUDA 10.1 和 Intel 2019 安装此处省略
编译安装
1 | cd gromacs-2021-rc1 |
2 | mkdir build-gpu |
3 | cd build-gpu |
4 | cmake .. -DGMX_HWLOC=OFF \ |
5 | -DBUILD_SHARED_LIBS=ON \ |
6 | -DGMX_BUILD_FOR_COVERAGE=ON \ |
7 | -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release \ |
8 | -DGMX_CUDA_NB_SINGLE_COMPILATION_UNIT=ON \ |
9 | -DCMAKE_C_COMPILER=gcc \ |
10 | -DCMAKE_CXX_COMPILER=g++ \ |
11 | -DGMX_MPI=ON \ |
12 | -DGMXAPI=OFF \ |
13 | -DGMX_GPU=CUDA -DGMX_OPENMP=ON \ |
14 | -DGMX_GPU_DETECTION_DONE=ON \ |
15 | -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/opt/cuda-10.1 \ |
16 | -DGMX_SIMD=AUTO \ |
17 | -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/parastor/home/lyh/gromacs-2021-GPU \ |
18 | -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 \ |
19 | -DFFTWF_LIBRARY=/parastor/home/lyh/mathlib/fftw-3.3.8/lib/libfftw3f.so \ |
20 | -DFFTWF_INCLUDE_DIR=/parastor/home/lyh/mathlib/fftw-3.3.8/include \ |
21 | -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF \ |
22 | -DCMAKE_PREFIX_PATH=/parastor/home/lyh/mathlib/fftw-3.3.8 \ |
23 | -DGMX_DEVELOPER_BUILD=off |
24 | |
25 | make -j 4 |
26 | make -j 4 install |
-DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR={已安装的CUDA的安装路径}
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX={设置Gromacs的安装路径}
-DCMAKE_PREFIX_PATH={已安装的fftw等路径，此处只为fftw安装路径}
-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON 软件安装过程中自动安装fftw